Karantina adalah sistem pencegahan masuk, keluar dan tersebarnya hama penyakit hewan, ikan dan organisme pengganggu tumbuhan, serta pengawasan dan atau pengendalian terhadap keamanan pangan dan mutu pangan, pakan dan mutu pakan, produk rekayasa genetic, sumber daya genetic, agensia hayati, tumbuhan, satwa lliar, satwa langka dari suatu area ke area lainnya atau dikeluarkan dari wilayah Indonesia.
Karantina merupakan tindakan terhadap suatu komoditas hewan dan produk asal darinya untuk tujuan ekspor atau impor dengan ditempatkan disuatu tempat atau penampungan guna dilakukan pengawasan, dan mencegah terjadinya penularan, pengaruh dan hama penyakit (HPHK ; Hama Penyakit Hewan Karantina) yang terdapat pada komoditas barang tersebut. Di dalam hasil pemeriksaan bisa saja dilakukan tindakan disinfeksi. Karantina kesehatan juga sesuai dengan kebijakan masing-masing negara tujuan.
Karantina tumbuhan dan produk tumbuhan untuk diekspor ditetapkan untuk mengatur pengeluaran media pembawa (berupa tumbuhan dan produk tumbuhan) dari dalam wilayah negara Republik Indonesia serta mencegah keluarnya Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina (OPTK) dari dalam wilayah negara Republik Indonesia ke luar negeri atau negara tujuan, hal tersebut disesuaikan dengan kebijakan yang diberlakukan di negara tujuan.
Terhadap tindakan karantina tersebut di diatas Balai atau Badan Karantina menerbitkan Phytosanitary Certificate (Sertifikat Kesehatan) yang merupakan syarat tambahan untuk produk tertentu guna pemasukan atau pengeluaran barang ekspor atau impornya.
Karantina dapat dilakukan seketika saat tiba di bandara atau pelabuhan untuk kedatangan atau impor. Atau tindakan karantina dapat pula dilakukan di tempat lain seperti ; lokasi peternakan, instalasi lain, tempat pengemasan, pabrik, unit pengolahan; dan atau gudang atau tempat khusus lain yang ditetapkan.
Pemeriksaan dilakukan dengan meneliti kebenaran jenis, volume, jumlah media pembawa HPHK (hama dan penyakit hewan karantina), dilakukan pengamatan dan pemeriksaan kemungkinan adanya serangan hama penyakit dan pemeriksaan pengamatan laboratorium.
Sertifikat kesehatan hewan dibuat oleh dokter hewan karantina berdasarkan hasil pemeriksaan dokumen dan kesehatan dan dinyatakan sehat/bebas dari hama penyakit hewan.
Sertifikat kesehatan tanaman dibuat oleh petugas karantina btumbuhan berdasarkan hasil pemeriksaan dokumen dan kesehatan dan dinyatakan sehat/bebas dari hama penyakit tumbuhan.
Pengajuan pemeriksaan karantina dapat dilakukan secara online melalui . Setelah pengajuan pengguna jasa (eksportir atau importir) segera menyiapkan komoditas dan lokasi untuk diperiksa oleh petugas. Atas semua tindakan karantina pemilik berkewajiban untuk membayar jasa karantina sesuai dengan ketentuan yang berlaku.